目前治療肺炎黴漿菌的首選抗生素為巨環類抗生素（如：azithromycin、clarithromycin）。然而，近年來觀察到肺炎黴漿菌對巨環類抗生素產生抗藥性的趨勢日益增加，替代藥物包括四環黴菌素類抗生素（如：doxycycline）或氟喹諾酮類抗生素（如：levofloxacin、moxifloxacin）。